多年研究和實踐證明，微生物肥料菌種（菌株）來源，與它的效果密切相關。任何一個微生物“種”都是由許許多多分類性狀相似的個體，即“菌株”組成，它們之間在某些特征上仍然存在巨大差異，包括菌株起功的特征。

跟蹤調(diào)查發(fā)現(xiàn)，同樣都叫枯草芽孢桿菌（Bacilus subtilis)，有的菌株能夠合成植物激素吲哚乙酸，而其余大部分菌株卻沒有此功能；少數(shù)枯草芽孢菌株能夠降解纖維素，其余大部分菌株則不能。由此可見，生物肥料中添加未經(jīng)實驗證實的菌株是很難保證達到所需生物功能目的的。現(xiàn)實中那些不具備微生物學研究、開發(fā)與生產(chǎn)能力的生物肥料生產(chǎn)廠家，或是貪圖價格便宜的企業(yè)，為了滿足產(chǎn)品登記的要求，到市場上購買那些名稱上相同的菌劑添加到產(chǎn)品中，實際上卻沒有所標注的產(chǎn)品功能，也就達不到其應用效果。

為了保障所生產(chǎn)的微生物菌劑能夠達到特定的生物功效，就必須圍繞所確定的生物功效進行菌種篩選工作。從自然界取樣篩選菌株時要考慮將來菌株的施用地點。如果是用于植物根部，取樣時盡量收集根系，從根表和根際分離微生物，然后從中挑選出具有我們需要功能的菌株。這樣獲得的菌株在根部定殖的能力可能較強，最終表現(xiàn)出來的生物功效就比較強。

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聲明：本文來源于李俊、姜昕在中國農(nóng)業(yè)出版專著《微生物肥料生產(chǎn)應用技術百問百答》，如有侵權請聯(lián)系刪除，謝謝！